猴痘病毒属于痘病毒科正痘病毒属，基因组全长约197kb，为双链DNA病毒。
猴痘病毒分为两个进化分支:中非分支
(或刚果盆地分支)和西非分支。近年来，引发全球非地方性流行区猴痘暴发疫情的毒株主要为西非分支的Ilb亚分支。
。该病毒耐干燥和低温，但加热至一定温度或暴露于常用消毒剂即可灭活。